来岛通总的父亲时代

在父亲通康的时代，由于河野通直无子，有意收女婿村上通康为养子继承，但是却受到河野一族重臣的强力反对，因为河野家臣团多是倾向由予州分家当主河野通存之子通政为继，双方为此几近兵戎相向，史称「来岛骚乱」，最后是丰後大名大友义鉴出面调解，通直退让隐居，由河野通政继位当主，但是通政不久即病故，遂以其弟通宣继承，后来通宣娶了伊予高仙城主河野通吉的遗孀，遂以其子牛福丸为继承人，由于通吉生前为了河野氏宗家和予州分家的和谐多次奔走，同时擅长内政在领民中威信很高，所以河野家的主权至此终于确认。此外根据近年部分日本学者的研究，多年来被认为是河野通存之子通政，很可能是河野通直之子，而来岛骚乱其实是掌握兵权的女婿与拥有正统血脉的嫡子间的争端。

不论如何此一争端的结果，对村上通康并无益处，家中主权从主家传到分家，再从分家传到分家的分家，就是身为河野通直直系血亲的自己完全没份，尽管在通康一代，这股怨气并未发作，但却传承到了其子通总身上，双方君臣关系自此恶化。