有部漫画，开头是一个男的在神庙中，没有人看得到他，不过有个小女孩看到了，长大后这个女孩来那个神庙参

是否是短篇少女漫画《神嫁》呢？大致上和你描述的差不多

剧情简介（粘贴自百度百科）：父母双亡的希樱绘华，在被死神袭击时被青梅竹马，万，救下，还未从这超现实的一面恢复，却发现原来一直以为是没人气神社神主的青梅竹马，竟然也是神明！而且之后还被求婚……身份地位完全不同的绘华与万，能冲破阻碍幸福的生活在一起吗……