柯南目录

注：三个数字分别表示卷数、话数和总话数，如“01/01 001”表示“第1卷第1话，总第1话”。带*表示虽然有黑衣组织的成员登场，但是与黑衣组织本身无太大关联。

01/01 001 现代的福尔摩斯

01/02 002 变成小孩子的名侦探

02/04 014 行踪不明的男子

02/05 015 可怜的少女

02/06 016 追踪高大的男人

02/07 017 恶魔一样的主谋

04/04 033 黑色公事包之谜（对应动画修改为与组织无关）

12/04 114 突如其来的遭遇

12/05 115 炸弹的下落

12/06 116 柯南失算了

18/06 176 转学生

18/07 177 黑衣女郎

18/08 178 秘密组织成员·代号雪莉

18/09 179 伪装的少女

18/10 180 将死

19/01 181 为什么？

19/09 189 被狙击的球！

19/10 190 5万6千名人质

20/01 191 远方之眼

24/07 238 背叛的街角

24/08 239 漆黑的丧葬行列

24/09 240 不告而别

24/10 241 来自过去的子弹

24/11 242 白色世界

29/03 287 看不见的恐怖

29/04 288 危险讯号

29/05 289 光天化日下的埋伏

34/11 350 金苹果①

35/01 351 金苹果②

35/02 352 金苹果③

35/03 353 金苹果④

35/04 354 金苹果⑤

37/05 377 黑暗的足迹①

37/06 378 黑暗的足迹②

37/07 379 黑暗的足迹③

37/08 380 白雪…黑影…

37/09 381 危险的相遇

37/10 382 顺风车

38/01 383 新兵器！

41/10 423 到访者留下的谜

41/11 424 小小密室的秘密

42/01 425 隐藏的真相

42/05 429 月圆之夜和黑宴

42/06 430 染血的幽灵船

42/07 431 隐形人出现

42/08 432 工藤新一登场

42/09 433 面具下的真相

42/10 434 腐坏的苹果

46/07 475 封印

48/09 499 门铃怪客

48/10 500 新黑衣人

49/01 501 追踪目标

49/02 502 新的指令

49/03 503 黑衣组织vsFBI ①

49/04 504 黑衣组织vsFBI ②

53/07 550 目击者一人

53/08 551 钉子与蛇

53/09 552 锤子的真面目

53/10 553 不可思议的兼职

54/01 554 晚餐的菜单

54/02 555 梦中之星

57/09 595 乌鸦之歌

57/10 596 第二条线

57/11 597 假患者

58/01 598 跟踪，然后……

58/02 599 赤井的过去

58/03 600 孤注一掷

58/04 601 伪装

58/05 602 最终手段

58/06 603 任务

58/07 604 姐弟

58/08 605 意外的嫌疑人

58/09 606 13日又是星期五

58/10 607 卡迈尔的过去

58/11 608 魔法的咒语

59/01 609 钢楔

60/03 622 红白黄色

60/04 623 黑白君

60/05 624 新邻居

64/01 664 一角岩

64/03 666 杀气

65/03 677 命运之人

65/04 678 陷阱

65/05 679 摇摆的心

65/06 680 与危险的二人同行