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2009年6月24日，国务院常务会议讨论并原则通过《横琴总体发展规划》，决定将秦恒岛纳入珠海经济特区范围，实行口岸设置和通关制度分开管理。逐步把横琴建设成为“一国两制”下探索粤港澳合作新模式的示范区。鉴于澳门面积较小，没有合适的土地供澳门大学扩建。澳门特别行政区提出，希望为澳门大学提供位于珠海秦恒岛的新校区，新校区由澳门特别行政区依照澳门特别行政区法律进行管理。国务院同意澳门特别行政区关于将澳门大学迁至珠海秦恒岛的请求，建议全国人大常委会作出决定，授权澳门特别行政区依据澳门特别行政区法律对澳门大学秦恒岛新校区行使管辖权，澳门大学秦恒岛新校区与秦恒岛其他地区分开管理。
目前澳洲大学有:工商管理学院、教育学院、法学院、社会科学与人文学院、科学技术学院、中国医学科学院。每个学术单元提供约100个学位课程，包括博士、硕士和学士学位。还有三个教学中心:预科中心、继续教育中心、英语中心。“教学与科研并重”是澳门大学的发展目标。为此，每个学院都有一个或多个研究中心。有六千多名学生在学习。澳门大学拥有近400人的国际师资队伍，其中近70%拥有博士学位，他们都拥有丰富的教学和专业经验。教师来自美国、英国、加拿大、澳大利亚、法国、葡萄牙、新加坡、日本、新西兰、中国、中国澳门、中国等十多个国家和地区。他们中的许多人甚至获得了世界著名大学的博士学位，包括加州的斯坦福大学、哈佛大学和伯克利大学，英国的牛津大学和剑桥大学，多伦多大学，北京大学，北京师范大学和香港大学。英语是澳大利亚大学的主要教学语言。学制和教材与国际接轨，为学生出国留学起到桥梁作用。
澳门大学非常重视国际交流与合作。作为亚太大学联盟(AUAP)主席、国际大学校长协会(IAUP)和葡语大学联盟(AULP)副主席，澳门大学肩负着促进亚太大学联盟联系与交流的责任，在国际大学网络和葡语大学网络中发挥着重要作用。同时，他积极参加许多国际大学组织和协会的会议，包括国际大学生技术实习和交流协会(IAESTE)、国际大学协会(IAU)、亚太大学交流协会(UMAP)、亚太高等教育研究网络(APHERN)、葡萄牙大学校长协会(CRUP)和欧亚-太平洋大学网。通过与国际学术界的定期接触，他为国际社会做出了巨大贡献。因此，澳门大学的学位和课程在国内外都得到广泛认可。
根据瑞士苏黎世国际教育研究中心公布的大学排名，澳门大学的国际排名为831。在学校的排名考核中，学校占地、院系数量等因素是对体育馆有一定影响的衡量内容，这些客观条件也影响了澳洲大学的国际综合排名。虽然与香港排名前三的大学差距明显，但其他香港大学很难将澳门大学远远甩在后面。澳门大学的综合实力与香港浸会大学、理工大学相当，但因专业不同而有所不同。事实上，澳门大学的许多专业领域在东亚都处于前列。澳门大学会计专业本科生除了领先的葡萄牙语和博彩管理外，可以免考ACCA考试的9门课程，ACCA的免考课程最多为9门。这方面和香港一流大学一样，内地会计专业排名第一的厦门大学会计硕士只能免考9门课。但由于澳门大学进入内地招生较晚，更注重本地生源而非内地宣传，加上澳门没有香港永久居留政策，内地录取分数低于香港学校。就像三四年前香港大学不被内地录取的时候，港校在内地的生源数量并不理想。但近年来，香港高校招生被要求超过一本线的80%。就最近两年来看，内地对澳门大学的认可度逐年上升。2005年以前，内地大学分数线要求是二本，但2005年各省分数线基本都达到了本科若干。2006年内地只需要一本就有报名资格，但实际平均分达到三四十多分，奖学金获得者超过一本100多分。近几年招生分数线上升。