空间多组学习小技巧！欢迎你带走~-10 xvisium+scrna-seq+scatac-seq+bulk RNA-seq

作为2020年最美的孩子，空间转录组技术活跃在生命科学的各个领域，与其他组学伙伴的相互作用更为科研人员所关注。近日，空间转录组与其他基因组合作伙伴共同解析了“跨时空表征皮肤创伤愈合”的相关机制，相关文章《整合空间多组学揭示组织修复过程中成纤维细胞死亡》发表于2021年4月4日。所以，一直关注空间的朋友们，一起来看看新鲜出炉的空间能给我们带来哪些惊喜的小技巧吧~

皮肤组织损伤导致成纤维细胞引起的瘢痕纤维化。目前，再生性伤口愈合的治疗仍然难以实现，部分原因是成纤维细胞的程序性和适应性原则仍然不清楚。

作者结合空间转录组和多组学技术，在空间水平上推测成纤维细胞表观基因组，从而确定组织损伤后的一系列机制。这些发现对复杂器官的组织修复研究具有重要意义。

1.损伤反应性成纤维细胞的多组研究(批量RNA-seq，scRNA-seq，scATAC-seq)。

借助于批量RNA-seq技术，发现组织内外的创伤成纤维细胞的基因表达与未损伤皮肤有显著差异。通过scRNA-seq技术，鉴定了四种成纤维细胞亚群，它们在伤口区域的分布差异很大。

为了评估与伤口愈合中成纤维细胞激活和谱系分化相关的表观遗传学变化，作者将scATAC数据与scRNA数据结合，评估特定的峰和基序，并对每个亚组进行富集分析。根据在伤口愈合过程中的推断，每个亚组被暂时表征为:“机械性纤维化”、“活化的应答者”、“重塑”和“增殖者”成纤维细胞

2.利用空间转录组技术探索创伤愈合模型的组织。

为了进一步探讨成纤维细胞异质性在伤口愈合中的意义，作者进行了10X？Visium空间转录组技术用于分析支架彩虹小鼠伤口愈合模型在POD 2、POD 7和POD 14(伤口愈合过程中的重要时间点)和未受伤皮肤的组织。

伤口愈合的表皮层、真皮层和真皮层在组织学上很容易识别，还发现它们基于基因表达独立聚类。观察突出皮肤组织中伤口愈合细胞类型的基因Krt6b、Pdgfra和Msr1的表达具有空间特异性。

结合单细胞转录组的数据，发现POD 7和POD 14的真皮顶基区域存在明显的空间差异，细胞在更深的创伤区域表现出明显更少的转录多样性，进一步支持了组织修复过程中成纤维细胞的向内增殖和分化。

利用scRNA-seq、scATAC-seq和Bulk RNA-seq的空间转录组和多组技术，研究小鼠皮肤损伤模型，阐明伤口愈合过程中成纤维细胞的起源、损伤活化和分化轨迹，对制定促进组织修复的治疗策略非常重要。

这项研究表明10X？Visium空间转录组结合多组学联合分析的新思路，为探索复杂组织损伤修复机制开辟了新的方向。结合单细胞和其他多种方法的空间转录组分析新方法层出不穷。欢迎随时交流和讨论空间多方法的研究。

[1]FOSTER D S，JANUSZYK M，CHINTA M S，等.整合的空间多组学揭示组织修复过程中成纤维细胞的命运[J].bioRxiv，2021: 2021-2024。

等.一种增强皮肤和软组织内源性荧光物质的清除技术[J].科学报告，2019，9(1):15791-15798。