晚清时期的中央集权问题

清廷当然害怕。曾国藩开始只是做团练，说白了就是编外部队，没人没钱没组织没领导。筹饷是曾国藩一直以来最大的问题。由于是编外部队，各省不受其辖制，饷银来源一直不稳定。直到后来当洪秀全第二次攻破江南大营的时候，清廷才给曾国藩授两江总督的实职，饷银才有了着落，可见清廷对其防备之深。这是第一。

第二，曾国藩攻下天京后，清廷早已作下部署，在江苏四周安排一圈满蒙军队，以防曾氏生变。

第三，利用湘军内部分化来打击曾国藩的势力。太平天国后期，湖南督抚半天下，能与曾国藩在职权上平起平坐的也有不少。左宗棠、李鸿章都已是封疆大吏，太平天国灭亡后，也与曾老九一同封爵。清廷将曾氏幕府中人，提升到和他一同的高度，也是对湘军阵营的一种瓦解。另外，在湘军内部有人与曾氏意见不合的时候，清廷总是偏袒，打击曾氏。前有沈葆桢，后有左宗棠。

以上三条，应该能解释你的问题。至于义和团另当别议。