有一部小说，方腊的总主角砍倒了皇帝，成立了黑旗军。

你说的应该是小说《丧夫》，作者的《愤怒的香蕉》，现在还在连载。然而，小说的主角伊宁并不是方腊笔下的将军。他本来是倾向朝廷的，可惜被方腊俘虏了，所以在方腊工作了一段时间。后来帮助朝廷打败方腊后，又回到朝廷，后来又帮助朝廷平定梁山。但由于对朝廷失望，他杀了皇帝，组建军队反抗镇压，谋求生存。至于结局，现在还不清楚，还在一个系列里。写得很好，值得一看。