为什么妙手仁心3和妙手仁心2的结局接不上?

可能是故事情节的设计上存在差异。

《妙手仁心3》的结局中，侯天的猴天花疫症终于得到完美解决，急诊室也被解封，大家照常返回了自己的工作岗位。解封后的玉莹找到安生并且解释了自己的和众仁的关系，而众仁也向安生坦白了一切，安生消除了顾虑，两个人的感情进了一大步。另一方面，曾总因为自己的重伤不能得到痊愈，在快要去世的时候主动向自己的女儿道歉，最终父女两个人和好如初。在病房外面至美向智敏说出了曾总在去世以后想要捐出自己肾脏救回德广的消息，使智敏大为感动，最终放弃了去美国的机会继续留在了仁爱医院当顾问医生。

而《妙手仁心2》的结局是：开朗乐观的永仔突然去世，令晴晴顿感失落；另一方面，东明白到自己的短处，决定努力进修。后来，东无意中听到永仔生前唱给晴晴听的一首歌曲，令她勾起了当日永仔在医院的种种回忆。东把晴晴带到他们首次相遇的地方，二人回忆起当日情景，晴晴对东的感情亦因而改变。最后两人在永仔的遗像前重逢，晴晴对东表示感激，东亦再次向晴晴示爱。

两部剧的结局虽然都表达了人物的情感关系的变化，但是侧重点和表达方式有所不同。