水晶密码战士故事简介
2009年，地球上一艘巨型运输船满载着工业废料，穿越大气层飞向M78星球。当它进入B-25小行星通道时，遇到了煞星派来的魔兽飞船。魔兽飞船对巨型运输船发动了突然袭击，运输船爆炸了，无数碎片像流星雨一样洒在地球上...
闫隆、雅琪、季秀和柯美是初中科技超级生物兴趣研究小组的成员。他们有不同的家庭背景和性格。这四个人组成的小组总是吵架，不能按时完成研究任务，小组就会被学校解散。
暑假期间，当闫隆兴趣小组在阿古利原始丛林中执行最后一次研究任务时，突然天空中无数火球像流星雨一样洒向丛林(其实是煞星的魔兽军团对巨型运输船的攻击造成的)，闫隆和他的团队只好先躲在一个山洞里，在那里他们找到了先知留下的四个水晶编码器。当他们了解到水晶编码者的一些功能后，他们召集了自己的水晶编码者，并互相认识。这时，他们突然遇到了被煞星军团带来的空间辐射而变异的彩绘蝙蝠兽。在他们惊恐万分的时候，他们的四只幼晶码兽一起出击，打败了蝙蝠兽。水晶密码机指引他们来到了丛林密室，在那里他们在无知中得知了自己的使命。那些带有预言的壁画告诉他们，他们被选中去寻找一个巨大的能量源——拯救地球的四块水晶，煞星也在寻找这四块水晶。这场战争的胜败。并且有一个寻找水晶的路线图，孩子们用水晶编码器扫描路线图。
四位少年一致决定接受号召，* * *肩负起拯救地球的使命！这时，大便的水晶编码器没有发光，声音出来了...
前方的路程看似充满了危机和不可预测性，但晶典战士已经出发了！就这样，闫隆、阿奇、吉秀和柯美被命运选中成为了晶码战士，与各自的晶码兽成为了战斗伙伴，开始了冒险之旅...
孩子们和他们的圣兽齐新一起工作，并肩战斗。他们首先打败了“水污染核心”和各种动植物造成的怪物，最后打败了独眼魔兽。然后，他们要对付由煞星送到地球的巨犀鳄鱼和由它从地球上变来的许多动物。同时，孩子们遇到了由“土壤污染核心”引发各种生物变异的怪物，敌人变强了。他们依靠自己的圣兽升级最终战胜了敌人，也战胜了土壤污染的罪魁祸首犀牛鳄怪物。冒险更深入，孩子们要处理魔兽，煞星派到地球的浣熊蛇，以及它产生的许多改变地球的动物。孩子们遇到过“空气污染核心”导致的各种超生物变异的怪物，而且怪物越来越凶猛。晶码战士们让自己的晶码兽不断实现更高级的进化，最终打败了敌人也打败了魔兽兽。这部分穿插了阿奇背后的故事。
在最激烈的冒险阶段，孩子们要对付煞星派到地球上的黑白女巫魔兽和它所产生的许多改变地球的动物。他们遇到由“光污染核心”引发的超级怪物，不断升级进化自己的晶码兽，最终克敌制胜，打败光污染的罪魁祸首——黑白女巫魔兽。
水晶密码兵靠的是智慧，团结的力量，和必胜的勇气。凭借着与水晶代码兽的默契和胜任，他们终于战胜了强大的敌人，接连得到了四块能量水晶。
他们终于回到了他们原来的城市。但煞星之魂控制四只魔兽组成四魔兽组合，“万恶之核”由此展开。水晶密码战士必须摧毁它，否则地球将面临灭绝。
在超级晶码战士吴妈的帮助下，四个晶码战士和四个晶码兽最终在四颗能量晶体的帮助下完成了“晶码融合”——召唤出最强的晶码兽“圣兽”，传说中的“晶码融合”终于实现了！经过艰苦的斗争，我取得了最后的胜利。城市恢复了正常，闫隆的父亲说出了真相:他是人类的卧底，之前孩子们在水晶码机上收到的消息都是他发的，午马是他从外太空请来的超级水晶码兵...
战斗结束后，晶码兽全部退化回初级阶段。地球环境已经恢复正常，完成使命的晶码兽必须告别孩子，回到自己的世界进行修复。每个人都不愿意分开...孩子们也告别了午后的马，冰冷的午后的马在离别的时刻露出了微笑。他说:也许告别是新旅程的开始！然后我带着独角兽回去了。然而，煞星并没有消失！对宇宙的潜在威胁随时可能再次爆发...
水晶密码战士与家人分享冒险的收获和喜悦。看着心爱的祖国恢复了和平与安宁，四个少年都开心地笑了...而人们说，当晶码机再次发光的时候，晶码兽和晶码兵就会再次出现，为拯救我们的星球而英勇战斗！
后来黑暗势力卷土重来，晶码世界里还没完全恢复的晶码之兽强行进阶，提前消耗了晶码的能量。导致水晶陷入深度睡眠，水晶密码兽无法再进阶进化。于是四个少年来到死亡禁区激活水晶，同时水晶密码兽利用自己的新能力——勇者卡将战败的魔兽一一收服。第一站是月牙谷暗月之巅。只有阿奇激活了水晶，打败了傀儡魔术师。第二站是深蓝森林中的水晶洞。柯美和吉秀成功激活了水晶。最后一站是火焰祭坛，闫隆激活了最后一块水晶。
在B-25小行星上，煞星变成了一个非常脏的核，人为地改变了大十字的轨道。晶码战士到来后，圣兽和破解的巫师兽展开了激烈的战斗，但是圣兽处于劣势。这时，阿奇用童年的快乐回忆唤醒了魔兽兽，魔兽兽开始反抗，最后悲惨地牺牲了自己，被胡亚兽收进了勇者卡。神圣的神兽终于消灭了煞星，大地恢复了往日的生机。