「起义者」菲律宾人在宗教和枪械的双重迫害下如何生活？
作品中，保安队长的妻子康福特夫人和西班牙军医的妻子埃斯帕达尼亚都是这类人的典型。一些富裕的上层菲律宾人一心保住自己的财产和家族地位，愿意扮演西班牙附庸的角色。市长贾泰格就是这一类人的代表；一些可怜的菲律宾人虽然受到迫害，但仍然处于昏迷状态，比如书中的西沙。有些人能理解社会现实却看不到祖国的美好未来。小说中被称为“疯子”的老人，深感“菲律宾处于黑暗之中”，“现在正进入斗争时期”，却看不到斗争的力量，最后在孤独中死去；有些人苦大仇深，不仅认识到只有斗争才能拯救祖国，也开始行动起来，却找不到正确的组织形式和斗争方法。这类人的代表就是埃利亚斯。伊莱亚斯的父母、哥哥和姐姐都被迫害致死。他深刻体会到“没有斗争就没有自由”，“没有自由就没有光明”。为了光明的前途，他在斗争中表现出了大无畏的牺牲精神，却没有找到光明的斗争之路。他把所有的希望和精力都寄托在小说主人公爱国青年伊瓦拉身上。虽然他的希望没有实现，但他的精神是不朽的。
探索菲律宾国运的主题主要体现在小说主人公胡安·克里索斯托莫·伊瓦拉·马格萨林身上。他的曾祖父是西班牙人，祖父是混血儿，父亲更有菲律宾人的气质。早年因保护一名菲律宾儿童而杀死一名西班牙税务员，被天主教视为异教徒，死于狱中。小时候，伊瓦拉离开了祖国，在欧洲度过了7个春秋。当她回来时，她成长为一个充满活力的年轻人，她爱上了市长贾比丹提格的女儿玛丽亚。但他回到祖国的目的不仅仅是为了结婚，而是为了在祖国探索一条自由之路。
伊瓦拉的探索经历了前后两个阶段。
第一个阶段是从他从海外热情归来到他被捕逃亡。留学归来的伊瓦拉，年轻、爱国、单纯。他看到现实生活中有许多“弊端”，但他认为要使“我的国家繁荣幸福”，只有“靠西班牙母国和同胞的共同努力才能实现”；当他听说必须寻找一个“靠山”来对抗恶势力时，他决定“请求我们的牧师宽恕”，并相信天主教会会“将菲律宾人民从异端中拯救出来”。因此，他反对改革现行的殖民制度，主张赢得西班牙议会席位，恳求人民实现改革。他还着手创办学校，希望通过开发民智、改革弊端来繁荣祖国。
显然，伊瓦拉的这种改进是行不通的。在两位牧师达马索和萨尔维的阴谋操纵下，他与玛利亚的婚姻不仅化为乌有，而且被诬陷为“暴动”的领导者而被捕，生命垂危。伊瓦拉的理想被践踏，被迫逃亡。这次亲身经历让他看清了菲律宾的“毒瘤”。他愤怒地抱怨:“三百年来，我们一直向他们伸出手，向他们求爱，想把他们当兄弟，可是他们怎么回答我们呢？”侮辱，嘲笑，甚至不把我们当人看！世界上没有上帝，没有希望，没有人性，什么都没有！权力就是正义！”他的结论是:“现在，我看到了侵蚀我们社会的可怕毒瘤。它紧紧附着在社会的肌肉上，需要我们采取大刀阔斧的措施把它连根拔起。”这是伊瓦拉对改良主义的批判，也是他思想发展到第二阶段的转折点。
伊瓦拉探索的第二阶段是13年后回国，直到服毒自杀。这种经历主要表现在起义军身上。从美国回来的伊瓦拉化名西蒙，公开身份是珠宝商和州长顾问。这时候他清楚地意识到，如果把祖国和西班牙用玫瑰联系起来，那对菲律宾来说就是枷锁；他揭穿了鼓吹与西班牙合作的骗人论调，指出参加西班牙议会是没有用的。提出要“以暴制暴，以牙还牙”；菲律宾不是西班牙的一个省，而是想成为一个独立的国家。为此，他鼓动西班牙总督作恶，“助长邪恶”，“制造灾难”，希望加速殖民集团内部的腐朽，迫使人民奋起反抗西班牙的统治；同时，他走私军火，制造爆炸，采取恐怖冒险的手段，让无辜的菲律宾人和西班牙殖民者同归于尽。因为伊瓦拉只是凭借个人力量和过激行动，所以并没有认真宣传。组织群众决定了他的斗争必然以失败告终。最后，在敌人的追击下，伊瓦拉逃到一个荒岛上服毒自杀。他的未婚妻玛丽亚也死在了修道院。
伊瓦拉是19年末菲律宾先进资产阶级知识分子的代表，他的探索悲剧反映了菲律宾资产阶级的国家理想与殖民地社会黑暗现实的冲突。反映出进步的资产阶级知识分子对菲律宾民族独立道路的探索仍然徘徊在改良主义和恐怖报复活动之间。但小说绝不是悲观的，人们会从伊瓦拉探讨的悲剧中总结历史教训，找到正确的斗争方式和方法。