名侦探柯南500集以后主线集数

491-504红与黑的碰撞（小兰的新同班同学本堂瑛佑总给柯南不好的感觉，他四处寻找自己的姐姐本堂瑛海，本堂瑛海与水无怜奈长相一摸一样，但是血型不对。黑衣组织四处寻找水无怜奈，得到FBI帮助的水无怜奈假装昏迷不醒，被本堂瑛佑袭击后不得不说出真实身份，原来水无怜奈就是本堂瑛海，代替被杀的父亲成为CIA的卧底，水无怜奈答应赤井秀一重新返回组织，但是接到的第一个任务就是杀死赤井秀一。赤井秀一疑似牺牲。）

507-508卡拉OK包房的死角（本堂瑛祐知道柯南身份，打算离开日本，柯南对赤井秀一已死的举动奇怪。）

509 红白黄色与侦探团 F/C（水无怜奈向茱蒂透漏情报，组织派出了一个厉害的侦探波本。冲矢昴登场，搬进工藤新一的房子。）

510 柯南VS双重暗号之谜

511 推理对决！新一VS冲矢昴（柯南发现冲矢昴的推理能力很强，而且是左撇子，爱喝波本酒。）

521 杀人犯 工藤新一

522 新一的真实身份与小兰的眼泪

523 真正想问的事 （新一第三次恢复）

542-543鱼儿消失的一角岩（灰原哀再次感到冲矢昴的压迫感。）

563-564侦探团VS劫匪团（脸上带着烧伤的伤疤、疑似赤井秀一的人出现，右眼有着明显的被火烧伤的伤疤。在最后此人捡起了抢劫犯的手枪，在柯南被抢劫犯劫持的紧张时刻，开枪救了柯南。）

578 召唤危机的红色前兆

579 黑色与13的暗示

580 逼近的黑之时限

581 摇曳的红色目标（疑似赤井秀一的人再度出现，同时，在商场的茱蒂老师收到了“这里很危险，快逃”的字条，此时冲矢昴也在商场，首次见到了伤疤男，说的话意味深长。伤疤男将在商场发生的案件的推理用别人的手机发给了毛利小五郎。琴酒以及基安蒂等人欲检验赤井秀一是否生还，并以此来证实基尔是否是卧底，却被柯南巧妙地引开。与此同时昴也在寻找伤疤男，而伤疤男却在被瞄准时对着瞄准镜露出诡异的笑容。）

616-621福尔摩斯的默示录（新一第四次恢复，并向兰告白。工藤夫妇知道灰原哀是APTX4869的研发者。）

622-623紧急事态252（阿笠博士被绑架，片尾灰原哀再次对冲矢昴表示强烈怀疑。）

646-647幽灵旅馆的推理对决（世良真纯登场）

651 柯南VS平次 东西侦探推理对决（茱蒂、卡迈尔在看到世良的照片后表示世良“很像某个人”，而詹姆斯则一眼看出世良是女孩子。）

656-657博士的视频网站（世良看到博士视频中印出来的灰原哀的影子，并向光彦、元太打听了“博士家的小女孩”（即灰原哀）、邻居（即冲矢昴）的情况。并对着冲矢昴的窗户说：“我还以为是谁随随便便地住进来了呢，不过现在看起来真是杞人忧天了啊……”最后世良将视频中意外拍到的灰原影像在电脑中删除。）

667-668婚礼前夜（安室透登场，成为小五郎弟子。）

671-674 侦探们的夜想曲（冲矢昴脱口而出的一句“不要露出那种表情”，似乎让灰原感到相当在意。Vermouth给波本打电话，安室透，冲矢昴，世良真纯同时接到电话）

675-676 一丁点都不原谅(灰原回想起冲矢的那句“不要露出那种表情”，和曾在组织卧底的诸星大（即赤井秀一）的用语十分相似。世良真纯对工藤新一似乎早有了解，对灰原哀表现出兴趣，并关注伤疤秀一)

681-683 以性命为赌注的恋爱转播（结尾处安室透为高木的指导警官伊达扫墓，暗示两人曾是朋友)

684-685 泡沫、蒸汽和香烟（灰原的举动和二人对话表示，冲矢的颈部隐藏着某个秘密）

690-691 工藤优作未解决的事件（冲矢昴举止可疑，世良在房间中发现了女性线索，最后世良含泪回望柯南和兰，说：“果然我是个坏孩子呢。”）

699-700 逼近灰原秘密的黑影（侦探团被困，灰原迫不得已服解药恢复身体，被光彦拍下视频，被世良、安室、冲矢看到。）

701-704 漆黑的特快列车（世良真纯，安室透身份揭晓。黑衣组织再次出场，目标雪莉。怪盗基德受柯南所托假扮宫野志保进入最后一节车厢，车厢脱落后，贝尔摩德引爆炸药，基德乘滑翔翼逃走。后贝尔摩德发现Sherry没死但未向组织报告。安室透对赤井之死产生怀疑，准备重新调查。冲矢昴露出与赤井秀一相同的眼神。）

705 密室中的柯南 （波本继续以安室透的身份出现）

706 在波本面前解谜（波本发现柯南使用手表型麻醉针，对其产生兴趣，并怀疑“沉睡的小五郎”与柯南之间的联系）