名侦探柯南主线集数（543集之后的一直到685集）
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柯南543以后的主线集数：
563 侦探团VS强盗团(骚乱) 朱蒂被卷入强盗案
564 侦探团VS强盗团(沉默)
疑似秀一的人登场，并用右手开枪救了柯南；少年侦探团知道朱蒂身份
578 召唤危机的红色预兆 FBI在寻找秀一；冲矢昴也出现在米花大厦
579 黑与13的暗示
疑似秀一的男子和冲矢昴同时出现，局势再次混乱，赤井之死遭疑
580 紧迫黑色的时限 Kir被怀疑身份，琴酒准备让基安蒂狙击疑似秀一的人
581 红色的摇摆目标
冲矢昴称组织为‘笨狼’，对柯南似乎很了解，言语中好像对柯南传递了某些信息似的；狙击失败，boss命令撤退 伤疤赤井对狙击手挑衅微笑
616-621 伦敦篇系列 工藤新一第四次恢复，工藤新一第一次向小兰正面表白
623 紧急事态252（后篇）?
冲矢昴监视博士家，用追踪眼镜找到柯南一行并最后击倒歹徒，身手不凡
646 幽灵旅馆的推理对决（前篇）世良真纯初登场
647 幽灵旅馆的推理对决（后篇）世良真纯举止可疑 可能故意推理出错 观察柯南举动
651 柯南VS平次 东西侦探推理对决世良真纯提到母亲 且极有可能小兰也认识
656 博士的视频网站（前篇）
冲矢昴被世良真纯“看到”后说她“杞人忧天”了；监视博士家，发现柯南一行人的举动后，跟踪柯南一行人，在发现劫匪的踪迹后放弃跟踪
657 博士的视频网站（后篇）表现出世良对灰原的兴趣很浓厚 曾暗中调查并试图接近灰原
667．结婚前夜（前篇） 安室透（波本）登场
668．结婚前夜（后篇） 波本接近毛利
671 侦探们的夜想曲（事件）
672 侦探们的夜想曲（诱拐）
673 侦探们的夜想曲（推理）
674 侦探们的夜想曲（波本）
此系列很重要。 安室透、世良真纯、冲矢昴同时接到（或窃听）贝尔摩得给波本的电话 ，波本身份更加扑朔迷离
675 一丁点都不原谅（前篇）
世良真纯表现出对灰原的兴趣，而且暗示出对工藤新一的一定了解，并且见到了伤疤秀一有很大反应 说她认识一个“从来不笑的人（很有可能是指秀一）
676 一丁点都不原谅（后篇）
681 命悬一线的恋爱转播（转播开始）
682 命悬一线的恋爱转播（走投无路）
683 命悬一线的恋爱转播（现场突入）
安室透在殉职警官伊达航的墓前供放了牙签，且手机中有伊达航的短信 可能是伊达警官所说的警察学校的第一名，目前尚不明确。作者表示此事件涉及主线
684 泡沫、蒸汽和香烟（前篇）
685 泡沫、蒸汽和香烟（后篇）
灰原对冲矢昴态度缓和，最后准备扯开昴的围脖以便看清昴的脖颈从而查清其真实身份时，被昴阻止，并且昴说“这里从此就是我的地盘了，不是你的领土…”说明昴的脖颈隐藏着秘密，很有可能涉及到昴的不能为他人所知的真实身份。
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之后的漫画主线梳理：
1.安室透就是波本也就是之前的伤疤男子。他假扮成伤疤秀一的目的是观察与赤井秀一有关联的人的反应，来确认秀一的生死。他认为雪莉已被炸死
2.至于冲矢昴青山老师还未明确公布其身份 但是根据推理百分之九十九就是诈死的赤井秀一。在File.824 神秘列车（终点） 冲矢昴睁眼 很像赤井秀一
3.世良真纯么，File.817中显示，世良很可能认识宫野志保（身体恢复的灰原哀）。在漫画File.821、File.822中，确定了世良真纯是赤井秀一的妹妹 而且其很了解新一 知道柯南身份
4.安室透在File.827 解开谜题的关键 中发现柯南使用变声器推理 开始怀疑柯南身份
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