杨念群的主要论文
《杨度佛学思想与后期思想转变》《求索》1986年第6期
《从佛学到唯物史观枣杨度思想转变探源》《未定稿》1986年第7期
《打破和谐枣杜维明先生儒学第三期发展驳议》《青年论坛》1986年第1期 《沟通历史与未来的桥梁》，《读书》1987年第3期
《传统文化与中国近代史学》，载张立文等主编：《传统文化与现代化论文集》1988年
《近人代中国知识分子参政的三种模式》，《广州研究》1988年第2期
《孙中山与梁启超历史观比较论》，《近代史研究》1988年第1期
《儒学的地域化与近代中国知识分子人格的二重取向－兼论两个地域文化群落的比较研究》，《走向未来》第三卷第四期，1988年12月 《佛教神秘主义：<大同书>的逻辑起点，《广东社会科学》1989年3月号
《两个轴心的失落与五四文化选择》，《中国论坛》1989年5月号
《知识群体的失落与传统理性的复归枣五四悖论研究》，《广州研究》1989年第6期 《知识分子改革中国的模式》，《二十一世纪》1991年第6期
《书生襟抱本无垠》，《读书》1991年第1期 《地域文化冲突的近代缩影－时务学堂之争再评析》，《中国社会科学季刊》1993年2月号
《权力凝聚的象征－湖湘书院与区域文化霸权》，《中国社会科学季刊》1993年第3期 《杨度和帝王之学》，《二十一世纪》1994年2月号
《感情历史的诠释：停滞的帝国与中西文化的比较观》，《中州学刊》1994年2月号
《梧桐三味》，《读书》1994年第11期
《宗教功能的本土化诠释－杨庆坤“中国社会中的宗教”读后》，《中国书评》1994年11月号
《空余高咏满江山》，《读书》1994年第4期 《我看曾国藩现象》，《二十一世纪》1994年12月号,1995年。
《甲午战争前后中国知识群体类型的演变－一个知识社会学的考察》，载甲午百年祭=知识出版社1995年1月版
《士大夫的流产变革》，载许纪霖等主编：《中国现代化史》（第一卷），上海三联书店1995年版
《“市民社会”研究的一个中国案例：有关两本汉口研究著作的论评》,《中国书评》1995年月号
《近代中国研究中的市民社会－方法及限度》，《二十世纪》1995年12月号，又载张静主编：《国家与社会》论文集，浙江人民出版社1995年12月版。
《近代“岭南文化中心说”典型述论》，《现代与传统》（第九辑），（岭南美术出版社1995年版《思想与学术岂能如此二分：就九十年代学风质疑于朱学勤、陈少明两先生》，《中国书评》1995年7月号
《构造非儒的纵横家形象》，《中国书评》1995年12月号 《“应然态民主观”的观代范本－评邓小军新著的历史逻辑与现实逻辑》，《中国社会科学季刊》1996年11月号
《在神秘叫魂案的背后》，《读书》1996年第8期
《晚清今文经学崛起的社会史理路：读艾尔曼新著》，《二十一世纪》1996年4月号 《儒学内在批判的现实困境：余英时现代儒学论简评》，《二十一世纪》1997年4 月号
《礼物交换的本土精神》，《读书》1997年第2期
《西医传教士的双重角色在中国本土的结构性紧张》，《中国社会科学季刊》1997年5月号
《学术空间与权力话语》，《读书》1997年第6期
《唯理主义的社会改造设计和文化传统》，《中国社会科学季划刊》1997年8月号
《历史记忆之鉴》，《读书》1997年第11期
《基层教化的转型：乡与中国治道之变迁》，《学人》（第11辑），浙江文艺出版社1997年11月版
《“地方感”与西方医疗空间在中国的确立》《学人》（第12辑），浙江文艺出版社1997年12月版 《想象中的真实 真实中的想象》《博览群书》1998年第1期
《社会福音派与乡村建设运动的理论与组织基础》，《道风山汉语神学学刊》1998年春季号
《论维新时代关于“习性”的构想及其意义》，《浙江社会科学》1998年第5期
《我为什么选择了走向边缘？》《开放时代》1998年10月号
《从知识/权力的互动关系看书院功能的演变：以湖湘书院为例》，
《中国书院》（第二辑）湖南教育出版社1998年12月
《中国历史上的正统观及其蛮性遗留》，《学术思想评论》（第四辑），辽宁大学出版社1998年12月版
《杨念群谈“儒学地域化”概念的使用》，《中华读书报》1998年7月1日
《什么是思想的原创性》，《中华读书报》1998年9月2日
《知识论与历史研究》《中国书评》1998年2月号 《女人会说话吗？》，《读书》1999年第1期
罗威廉《晚清帝国的市民社会问题》（与邓正来合译），载《国家与市民社会》论文集，中央编译出版社1999年版
《常识性批判与中国学的困境》，《读书》1999年第2期
《为中国的十八世纪立“传”》，《中华读书报》1999年6月2日
《福柯：思想界的恐怖分子》，《好书》1999年7、8号
《兰安生模式与民国初年北京生死控制的空间的转换》，《社会学研究》1999年第4期
《传统到底是怎么了？》《中国图书商报·书评周刊》1999年9月28日
《历史研究如何人类学化？》，《中华读书报》1999年9月28日
《中国视野里的西方思想》《中国图书商报·书评周刊》1999年11月16
《东西思想交汇下的中国社会史研究枣一个问题史的追溯》，《学述思想评论》（第7辑）辽海出版社2000年版 《北京卫生示范区的建立与城市空间功能的转换》《北京档案史料》2000年第1期
《我们时代的文化英雄》《读书》2000年第8期
《美国中国学研究的范式转变与中国史研究的现实处境》《清史研究》2000年第4期 《“辜鸿铭现象”的起源与阐释：虚拟的想像抑或历史的真实？》
《浙江社会科学》2001年第2期
华北青苗会的组织结构与功能演变
《中州学刊》2001年第3期
从“资治”到“反思”：中国社会史研究的新转向
《天津社会科学》2001年第4期 过渡期历史的另一面
《读书》2002年第6期从科学话语到国家控制：缠足由美变丑历史进程的多元分析
《北京档案史料》2001年第四期 《中国现代史学传统的变异与整合》，载《中国人文社会科学论坛2002》,中国人民大学出版社2003年版。
《中国人文社会科学发展研究报告2002》,中国人民大学出版社2003年版。
《后现代思潮在中国》，《开放时代》2003年六月号。
《防疫行为与空间政治》，《读书》2003年7期。
《防疫的空间政治学》《现代思想》（日本）2003年7期
《理论旅行状态下的中国史研究：一种学术问题史的解读与梳理》载《新史学》，中国人民大学出版社2003年版。
梁启超的“过渡时代论”与“过渡期历史观”的构造，《史学月刊》2003年第六期 《儒学作为传统中国“意识形态”合法性的历史及其终结》，载赵汀阳主编：《年度学术2003:人们对世界的想象》，中国人民大学出版社2004年版
民国初年北京地区“四大门”信仰与“地方感觉”的构造－兼论京郊“巫”与“医”的近代角色之争，载孙江主编：《事件记忆 叙述》，浙江人民出版社2004年版。
为什么要重提政治史？《历史研究》2004年第3期
地方性知识，地方感与跨区域研究的前景，《天津社会科学》2004年6期。
当代中国历史学何以引入中层理论，《社会观察》2004年11月。
Disease Prevention,Social Mobilization and Spatial Politices
The Chinese Historical Review Volume 11,2004,Fall
The Eatablishment of Modern Health Demonstration Zones and the Reguation of Life and Death in Early Republican Beijing，East Asian Science,Technology,and Medicine，Number22,2004 《何谓“东亚”？
——近代以来中日韩对“亚洲”想象的差异及其后果》
《大东文化研究》（韩文）2005年6月
《医疗史，“地方性”与空间政治想象》，载黄东兰主编：《身体 心性 权力》，浙江人民出版社2005年版。
在近作中，杨念群提出，近代以来的各种防疫行为并不是单靠纯粹医学的眼光所能解释，它的表现形态常常与空间政治的安排方式有关。清末医疗机构呈现出逐步从慈善系统中独立分化出来的趋势，其功能运作也逐渐让位于基层社会组织。所以容易在一般人眼中造成社会自主空间逐步扩大的印象。但这样的印象解释不了何以在现代国家全能主义领导方式下，大规模的防疫行为得以相对有效地贯彻到了基层社会。我的看法是，应该在具体的历史与现实情境下灵活看待国家与社会之间所构成的张力关系。在近代中国实现全面转型的情况下，全能主义的领导策略显然在防疫的社会动员能力上起着主体协调与支配的作用，但我们无法否认，这种社会动员如果不和基层文化传统中的若干因素相衔接并吸取其养分，就无法发挥正常的运转功能，即使在相当不正常的社会环境如“文革”期间也是如此。现代医疗行政体系一旦与国家制度的有效运作相结合，固然可以在防疫行动中发挥主导作用，然而这种行政控制的形式在基层尤其是乡村地区实施时如果不能与传统意义上的民间关系网络建立起合理的联系，那么这种卫生行政的有效实施必然是有限的。
2013年
《生活在哪个朝代最郁闷》本书是历史学者杨念群的专栏随笔集结。书名虽为“生活在哪个朝代最郁闷”，作者之意并不在于讨论历朝历代之得失，而是由历史跌宕开去，杂议藏匿于史书中的历史暗面，以及耳闻目睹之当下种种怪现象。
在作者看来当下社会的种种病症，并非晴天霹雳，凭空而来，而回溯历史有如雾里看花，绝非教科书所灌输的那般简单清晰。历史上称盛世者所在多有，若细究起来，所谓“盛世”，并不等于升斗小民的幸福生活。拿康乾盛世而言，虽曰国力强大，远人来朝，但也是文字狱最盛之时，自上而下全方位的思想规训及控制，终导致文人思想集体自宫，万马齐喑。生活在那样的“盛世”，不免会有些郁闷吧？