真·倚天屠龙记的主线流程篇
故事从张翠山夫妇回到中原，张无忌被玄冥二老掳走开始。
张无忌被关在武当山下的小屋内，调查屋子的门离开小屋，然后从地图右上的出口上武当山（山道上会遇到战斗，输赢都可以继续发展剧情）。武当山紫霄殿上演张翠山夫妇自刎剧情，张无忌在大殿内因寒毒发作晕厥。
两年后，无忌醒来后在一武当厢房，先去紫霄殿找张三丰，对话后，去找宋远桥、俞莲舟、张松溪让他们传授武功，分别会获得梯云纵秘籍、六合劲秘籍、武当长拳秘籍和小擒拿手秘籍（有了秘籍才可以进行冲脉修炼）。随后再回去找张三丰，他会带无忌上少林求取九阳神功。
前往少林的路上会发生多次战斗，将张三丰设置成死士型，他可以轻松解决所有敌人。来到少林寺山腰，通报后与少林寺三大神僧会面，说明原由后，空闻断然拒绝了张三丰的请求。无奈之下张三丰只得带无忌返回武当。途中经过汉水渡口北时救下常遇春，常遇春为报答救命之恩决定带无忌去蝴蝶谷找胡青牛医治，而同时救下的周芷若则由张三丰带回武当。
在蝴蝶谷，胡青牛拒绝为无忌医治，常遇春被打伤。无忌与小童对话知道在毒花林和百草林能找到何首乌、紫河车、大黄制成紫雪宝丹才能救常遇春。两个林子里的野怪只要学会了武当九阳功和武当长拳就不难对付。成功拿到需要的物品后再回去医治常遇春。
又过了两年，无忌遇到了纪晓芙等人上门求医。无忌先为她稍加诊治，随后再去请示胡青牛，胡青牛不治非明教弟子，但是无忌以巧妙的方法套出药方，随后在百草林和毒花林里找到药材桃仙、大黄、五味子、五灵脂、熊胆、玉蜜蜂浆（这些药也可在之前取药材的时候打得），所需药材搜齐后，找小童对话即可获得所需的丹药。当晚发现有人在药里下毒，次日与纪晓芙商议后得知是金花婆婆害了这些门派的人。晚上抓住了那个下毒的人，原来她是胡青牛的妻子，胡青牛得知此事赶去救王难姑，按照胡青牛的药方救下王难姑就会发生胡青牛讲述与王难姑前尘往事的剧情，然后胡青牛服下毒药。之后金花婆婆来到，见胡青牛已死遂离去。在无忌的救治下，胡青牛复活，给无忌医经与毒经。夫妇二人离去。
隔日，金花婆婆出现，欲带无忌去灵蛇岛，纪晓芙出面相劝，此时灭绝师太出现，金花婆婆带小殷离离去。灭绝师太要纪晓芙去杀杨逍，纪晓芙宁死不从而遭灭绝杀害。她临终前让无忌带着杨不悔去昆仑山坐忘峰找杨逍。
画面转到到了死亡废墟村庄，遇到中毒的詹春与苏习之，找到南星就可以给他们解毒。地图下方有一个郎中，从他那里可以买得南星，给两人解毒后会结伴同上昆仑山。见到何太冲后知道它的爱妾五姑重病求医。无忌诊断其病需要灵脂兰。在房外打一条蛇就可得灵脂兰，将五姑医治好。随后何太冲设宴款待，但是宴席上的酒却被何太冲的妻子班淑娴下了毒并逼迫无忌喝下。之后无忌保护杨不悔地逃出了昆仑派，在山脚下何太冲夫妇前来追杀，杨逍及时出手相救，杨家父女得以团聚。在告知杨逍纪晓芙之死真相后，无忌离开昆仑山。
无忌在返回途中迷路，在乱石地形打倒一条狗救下小猴子，但无忌受伤昏倒。醒来后发现身在朱武连环庄的奴仆房。去大殿见到卫壁和武青婴前来拜年，随后在庭院无忌偷听众人谈话，但却因为笑出声而被迫与卫壁动手，获胜后朱长龄前来维护无忌，随后嘱咐朱九真照顾无忌。
次日假冒金毛狮王的胡豹来朱武庄生事，无忌将其识破并说出自己的真实身份。就在众人要与无忌一起准备前往冰火岛的时候，某日晚无忌跟踪朱九真发现了他们欲借无忌之手夺取屠龙刀的阴谋，无忌被迫在大殿与朱长龄决战，战斗后来到了惊神峰顶，随后与朱长龄一起跌落悬崖。
醒来后无忌钻进惊神峰山谷，打倒白熊后救下一只白猿。在其肚子里发现了《九阳真经》。随后就开始修炼此功，功成之日无已长大。再去找朱长龄，但是无忌却被朱长龄设计摔下了惊神峰底，断了双腿。在一房屋前无忌遇到了蛛儿。此时无忌化名曾阿牛。不久一群人来找蛛儿寻仇，无忌暗中出手击退众人。就在蛛儿要带无忌离开的时候却遇到了灭绝师太，灭绝将二人带到了西域大漠。为救明教教众，无忌挺身而出接下灭绝三掌。但是蛛儿却在关键时刻被韦一笑掳走，无忌赶紧追了上去。经过了12张西域大漠地图后，没追到韦一笑却在大漠边缘见到了布袋和尚说不得。之后无忌被他装入乾坤袋带到了光明顶议事厅，明教精英尽在于此。此后所有人均被成昆偷袭，无忌及时出手击退成昆，并追着他进入了东庭院，在杨不悔房见到了杨不悔并救下小昭，杨不悔赶去了议事大厅，而无忌与小昭继续追成昆，可是两人中了陷阱被困在密道内。在寻找道路的时候无忌在练功室获得了乾坤大挪移心法（注意，按剧情需要修炼此功才能离开密道，但是游戏里不需要修炼即可离开）。之后需要在不同的房间内切换才能走出去，光明顶密道32个房间对应如下：
少阴主间 少阳主间 太阴主间 太阳主间
讼之间：5号门 无妄之间：2号门 旅之间：4号门 中孚之间：6号门
姤之间：4号门 同人之间：1号门 否之间：7号门 大有之间：9号门
困之间：4号门 屯之间： 7号门 蹇之间：1号门 小畜之间：4号门
鼎之间：1号门 噬嗑之间：0号门 谦之间：8号门 泰之间： 1号门
解之间：2号门 复之间： 5号门 豫之间：5号门 覆之间： 0号门
师之间：7号门 既济之间：6号门 遯之间：6号门 夬之间： 8号门
井之间：8号门 离之间： 9号门 艮之间：9号门 乾之间： 9号门
坎之间：9号门 明夷之间：4号门 坤之间：0号门 归妹之间： 7号门
在讼之间灭掉癫狂骷髅，小昭就会告诉无忌离开的方法，按照小昭的提示最后会进入大石室，无忌推开石门即可离开。赶到圣火坛发现六大派已经开始与明教开战，无忌出手与六大派高手一一对战，胜利后在光明顶议事大厅无忌被推举为新的教主。这时忽然得报有大量敌人来犯，因为明教此时元气大伤，无忌令所有人全部退入石室内。解决光明顶之危，无忌与杨逍父女，以及无散人一同欲前去冰火岛迎接谢逊。
在山下众人遇到了受伤的殷梨亭，看似少林武功所伤。查寻真相时众人被请入绿柳山庄，在众人觉得不对劲而离开山庄途中全部中毒，无忌回山庄找赵敏索取解药时困在了地下迷宫内，在迷宫内找到赵敏后费了九牛二虎之力才让赵敏交出解药并离开地下迷宫。无忌带着解药救下教众，返回山庄时却发现山庄已经被烧毁。随后众人来到少林，在寺内却发现18座罗汉像后被刻了明教欲称王武林的字样，无忌知道武当定会遭人袭击，赶紧率众人一起赶去武当山。
在武当山下跟随的同伴会独自抵挡拦路之人，而无忌先行进入了武当山化装成了一小道童。张三丰受到空相透袭而受伤，迫于形势张三丰将太极拳传授俞岱岩。随后在大厅见到了赵敏一行人。无忌以武当弟子身份出手击退三大高手，之后为得到黑玉断续膏前往少林。
少林寺城镇，跟踪一持茅的蒙古兵进入元兵驻地，击败那个百夫长就可以得到黑玉断续膏，但是回到武当敷用后才发现这黑玉断续膏是假的，殷梨亭与俞岱岩双双出现中毒现象。赵敏此时出现，以要求张无忌答应自己三件事为条件来换取无忌两位师叔的性命。
在武当紫霄殿朱元璋与徐达汇报六大派众被囚于大都城的万安寺，于是无忌率众从赶紧来到大都，在喜来客栈休息，当夜发现有人窥探，于是跟随其来一平地地形，打败他后，此人吐露了真相，原来他是光明右使范遥，他告诉了六大派人士均身中十香软筋散之毒，而解药则在玄冥二老身上。
返回客栈，遇到了赵敏，在一起就餐的时候无忌答应带赵敏前去冰火岛一看屠龙刀。这时万安寺方向传来信号。无忌赶了过去，进入塔内按照6、8、10、12、14、16楼的顺序救下被关的六派人众。在16楼发现灭绝、周芷若的时候，这个老尼姑怎么也不肯要张无忌的解药，无忌施计让灭绝服下解药，随后击败玄冥二老后无忌带二人上到塔顶。灭绝因为不肯接受无忌恩惠而被玄冥二老所杀。塔的火势兴起，无忌击败玄冥二老后，明教因为救下众门派而得以与武林正道化敌为友。
无忌来到客栈找赵敏。会面后听到峨嵋派的哨音，赶到大都城南城，发现原来是丁敏君要与周芷若争夺掌门之位而起争执。金花婆婆出现后周芷若为救峨嵋服下毒药，赵敏觉得事有蹊跷而跟随在一行人之后。
跟着金花婆婆一直走到港口，金花婆婆的目的地是冰火岛，但是中途却转向了灵蛇岛。果然，谢逊已经被金花婆婆带到了灵蛇岛上。谢逊在解决了丐帮陈友谅的偷袭后，金花婆婆想借其宝刀对抗倚天剑。无忌在殷离要被金花婆婆偷袭时出手相救，就在无忌与金花动手之时，波斯三使来到，命谢逊杀了金花，打败波斯三使后，回到船上检查殷离与赵敏的伤势，就在无忌与谢逊相认之时，波斯人再次追到，所幸有浓雾出现让让众人逃离了追杀。这时候谢逊道出了金花婆婆是紫钐龙王黛倚丝之事。
不久波斯人又追了上来，战斗之后无忌抓了对方的常胜王，要求波斯人以黛倚丝作为交换条件。之后波斯抓住了蛛儿相要挟，小昭决定回波斯明教接任明教教主一职。
小昭走后，众人到了一无人岛上。某日之后赵敏与倚天剑、屠龙刀失踪，殷离遭到杀害。在无忌后悔之际他与周芷若定下了婚约。数日后有一小船来岛上接众人返回中原，无忌等人察觉此事可疑，将众人杀死后乘此船返回中土，上岸后无忌将周芷若和谢逊安置在安平镇客栈里，自己出去打探消息。
返回安平镇时得知谢逊和周芷若被丐帮的人带走。来到弥勒庙，无忌在丐帮聚会上见到了赵敏，宋青书揭穿了赵敏的伪装，无忌救出赵敏，随后得知宋青书欲借丐帮之手加害武当。于是两人决定前往武当报信。在雪岭时无忌碰到了宋远桥、俞莲舟、张松溪和殷梨亭，为了避免产生误会，无忌和赵敏决定先行回避，但是却发现了莫声谷的尸体。赵敏出去引开了众人，等无忌处理尸体后赶过去找到了身受重伤的赵敏。这时宋远桥等人返回发现了莫声谷的尸体，击败四人后宋青书、陈友谅等人来到。他们的对话正好帮无忌解了围。而无忌决定去救谢逊和周芷若而将赵敏留在了客栈内。
张无忌来到卢龙镇，扮成丐帮弟子潜入丐帮打探消息，弄清实情后，无忌以教主身份只闯丐帮，只找到芷若而没找到谢逊。丐帮长老称谢逊已先行离开。无忌击败史火龙，但是陈友谅却抓了周芷若。危机时刻一黄衣女子赶来揭穿了史火龙的假身份。随后无忌来到濠洲的明教分舵，在客栈里无忌见到了赵敏，但是他们这无意的相会却被周芷若看在眼里。为了履行无人岛上与周芷若的婚约，无忌不得已要立刻与周芷若完婚。就在婚礼上，赵敏出现。以金毛狮王的头发要挟张无忌不得结婚，无忌在卢龙镇北追上赵敏，得知谢逊落在了成昆的手上，赵敏欲带无忌前去谢逊的关押地，但是中途却被赵敏的哥哥误会而不得已与神州八骑和玄冥二老开战。击败这些人后汝阳王出现，在赵敏以死相逼的情况下汝阳王只得让二人离去。赵敏这时带着无忌向囚禁谢逊的少林寺而去。
少林寺城镇见到了易三娘和杜百当。随后无忌和易三娘上少林。无忌假装在少林寺打杂，来到达摩堂，听到了空闻、空智与圆真的对话，这才知道少林要开屠狮大会。无忌跟随圆真来到谢逊的关押地，在圆真离开后无忌现身欲求三位神僧释放谢逊，但三神僧不答应且与无忌展开战斗。获胜后无忌想趁有人前来偷袭引起骚乱时救走谢逊，但是谢逊却固执地留了下来。
无忌见到赵敏向她说了事情经过，返回山下时发现杜百当与易三娘被杀，在五行旗信号的指引下，无忌见到了明教教众。原来此时各门派都已经前来参加屠狮大会。
屠狮大会上，一场明争暗斗后无忌见到了已经与宋青书完婚的周芷若。大会上圆真的阴谋被揭穿，群雄决定以擂台战决定谁来处决谢逊和屠龙刀。无忌两战后于一旁观战。之后为了救殷梨亭而被周芷若的九阴白骨爪所伤。晚上无忌前去西厢房拜会周芷若，却只得到周芷若的冷言冷语。
次日，枯蝉林内无忌以教主身份再与三大神僧战斗，战胜后，谢逊最终由无忌来决定生死。谢逊却在人群中认出了成昆，成昆与谢逊交手后，谢逊大彻大悟决定皈依佛门。就在此时，五行旗通报有元兵围剿少林，武林同道此时结盟***同对抗外敌。当夜，枯蝉林内无忌知道了当日在无人岛上发生的一切，再与赵敏一起赶去救下被玄冥二老围攻的周芷若后，赵敏盗得了周芷若身上的九阴真经和武穆遗书。在随后的大战中，明教援军及时赶到击退了官兵，无忌于庆功宴上将武穆遗书交给了徐达。
在群雄离开少林后，宋青书与周芷若的假夫妻身份告白于天下。本来以为死去的殷离却出现了，无忌等人一起前往枯蝉林寻找殷离，在周芷若的忏悔下，赵敏知晓了当日的一切，而殷离也现身了。最后殷离离去，而赵敏和周芷若则留在了无忌的身边。